1992 yılında kurulan üniversitemiz; 3 Enstitü, 13 Fakülte, 3 Yüksekokul, 9 Meslek Yüksekokulu, 1 Araştırma Uygulama Hastanesi, 1 Konservatuvar, 23 Araştırma Uygulama Merkezi ve Teknoloji Geliştirme Bölgesi ile eğitim-öğretim hayatını sürdürmektedir.

Üniversitemiz 11.07.1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 3837 Sayılı Kanunun 25’inci ve 28.03.1983 tarihli ve 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilat Kanununa eklenen Ek-17 maddesiyle kurulmuştur. Rektörlüğe bağlı olarak kurulan yeni FenEdebiyat Fakültesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Ziraat Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile Çukurova Üniversitesine bağlı Antakya Eğitim Yüksekokulunun fakülteye dönüştürülmesi ile adı ve bağlantısının değiştirilerek Rektörlüğe bağlanmasından oluşturulan Eğitim Fakültesi; yeni Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ile Çukurova Üniversitesine bağlı iken bağlantıları değiştirilerek rektörlüğe bağlanan Antakya Meslek Yüksekokulu, İskenderun Meslek Yüksekokulu ve Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ile Sağlık Bilimleri Enstitüsü çerçevesinde 7 Fakülte, 2 Yüksekokul, 2 meslek yüksekokulu ve 3 Enstitü olmak üzere 14 birim ile kurulmuştur.

Sağlık Bakanlığından Çukurova Üniversitesine devredilen Dörtyol ve İskenderun Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokullarından İskenderun Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu 1992 yılında, Dörtyol Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ise 1993 yılında üniversitemize aktarılmıştır. Yine Çukurova Üniversitesine bağlı olarak kurulmuş olan Dörtyol Meslek Yüksekokulu 1993 yılında üniversitemize devredilmiştir. Daha sonra 1994 yılında Kırıkhan, Reyhanlı ve Samandağ Meslek Yüksekokulları kurulmuştur.

1995 yılında bölgenin ve ülkenin sağlık sorunlarına çözüm arayışı kapsamında Tıp Fakültesi (2001 yılında ismi “Tayfur Ata Sökmen Tıp Fakültesi” olarak değiştirilmiştir) ve havacılık sektörüne katkı sağlayacak İskenderun Sivil Havacılık Yüksekokulu kurulmuştur. Aynı yıl Güzel Sanatlar Fakültesinin ve Yayladağı Meslek Yüksekokulu’nun kuruluşu da gerçekleşmiştir.